Née le 8 décembre 1542, l'héritière des Stuart devint reine d'Écosse trois jours plus tard, à la mort de son père Jacques V.

La régence fut assurée par sa mère, Marie de Guise, dont les frères animaient à la cour le parti catholique et anti-anglais. Ils obtinrent de fiancer la petite reine au fils aîné du roi de France Henri II, le futur François II.

À peine âgée de six ans, Marie prend un bateau pour la France. Plongée dans une cour raffinée, la princesse devenue jeune fille s'attire les éloges de Ronsard. Elle épouse le Dauphin en 1558 et signe un acte secret par lequel elle promet de céder à la France ses droits sur l'Écosse... et l'Angleterre si elle venait à mourir sans enfant.

L'accession au trône de François II, en 1559, renforce l'influence de la famille de Guise à la cour. Il s'ensuit une rivalité de plus en plus aiguë entre les Guise et le parti protestant, dont découleront de longues et dramatiques guerres de religion.

Mais François II, de santé fragile, meurt à 17 ans, le 5 décembre 1560, après un règne de moins de deux ans. La jeune reine doit s'en retourner à regret dans le pays de son père.

Marie Stuart retrouve un royaume déchiré par les perpétuelles dissensions entre chefs de clans et par la Réforme. Le peuple est tombé sous le charme d'un prédicateur austère, John Knox. Prêtre catholique passé à la Réforme anglicane puis au calvinisme, il fonde en Écosse une Église réformée nationale, sans clergé ni hiérarchie, l'Église presbytérienne. Dans chaque paroisse, les fidèles nomment eux-mêmes leur pasteur. Au sommet de l'État, pasteurs, bourgeois et squires (nobles) siègent ensemble.

C'est ce contexte ô combien éloigné de la cour des Valois que découvre Marie Stuart. La jeune reine s'attire la haine de John Knox.

Pour ne rien arranger, en dépit de nombreuses offres de mariage de grands princes étrangers, elle se laisse séduire par son cousin, le sémillant - et catholique - lord Darnley. Le choix est désastreux. Le beau lord ne manque pas une occasion d'humilier son épouse et s'attire la haine unanime de l'aristocratie.

Marie elle-même prend pour galant un petit musicien italien, David Rizzio. La cour ne le supporte pas et une conspiration encouragée par Darnley aboutit au meurtre de Rizzio dans les jupes mêmes de la reine, pendant leur souper.

Trois mois plus tard, le 9 février 1567, Lord Darnley meurt à son tour dans un attentat à la bombe, quelques jours après la naissance de son héritier, le futur Jacques VI, que d'aucuns soupçonnent d'être le fils de Rizzio ! Marie se remarie aussitôt avec l'instigateur du crime, le comte de Bothwell, fournissant ainsi un prétexte de soulèvement à la noblesse protestante.

Détrônée par ses sujets écossais, elle abdique au profit de son fils. Après dix mois de forteresse à Loch Leven, elle s'enfuit à cheval en Angleterre en mai 1568. Elle se place sous la protection de sa cousine, la reine Elizabeth Ière, de la dynastie des Tudor, dont elle n'a pourtant jamais reconnu la légitimité.

Elizabeth Ière est la fille du roi Henri VIII et la petite-fille d'Henri VII. Le roi d'Écosse Jacques V, père de Marie Stuart, est quant à lui le fils de Marguerite Tudor, fille d'Henri VII et soeur d'Henri VIII. Elizabeth Ière est donc cousine au premier degré de Jacques V et cousine au deuxième degré de sa fille Marie Stuart.

Craignant une sédition des catholiques anglais, la reine d'Angleterre fait emprisonner son encombrante cousine. Dans sa prison, pendant près de vingt longues années, Marie Stuart participe à plusieurs complots ourdis par les «papistes» pour la faire monter sur le trône.

Les conseillers de la reine d'Angleterre s'inquiètent du danger qu'elle représente à l'heure où se profile une nouvelle guerre avec l'Espagne catholique. Elizabeth Ière la fait finalement condamner à mort et décapiter. Sir Francis Walsingham, en charge de la police, piège la captive par le biais d'un provocateur qui l'entraîne dans un complot contre la reine. Marie Stuart donne par écrit son avis et conseille même les comploteurs sur la manière de procéder au meurtre. Cela lui vaut d'être jugée et condamnée à mort.

Les Communes réclament son exécution immédiate. Elizabeth Ière rechigne malgré tout à faire exécuter une souveraine, si coupable soit-elle. Elle se résout à signer l'ordre d'exécution après beaucoup d'hésitation.

Marie Stuart retrouve son courage et sa dignité en montant sur l'échafaud. Le bourreau, maladroit, s'y reprendra à trois fois avant d'arriver à lui sectionner la tête.

Ayant triomphé de tous ses ennemis mais dépourvue d'héritier direct, la reine d'Angleterre lègue sa couronne à son neveu, le propre fils de Marie Stuart et lord Darnley, le roi d'Écosse Jacques VI. C'est ainsi que le 24 mars 1603, à 37 ans, il devient également roi d'Angleterre sous le nom de Jacques Ier et inaugure la dynastie des Stuart faisant suite à celle des Tudor.